Das oberste Organ der Region sind die stimmberechtigen Einwohner der Regionsgemeinden. Sie befinden über Erlass und Änderung der Statuten, über Referenden und Initiativen, über Sachvorlagen sowie über Ausgaben über einer gewissen Höhe.

Für die meisten Entscheide auf Regionsebene ist die Präsidentenkonferenz (PK) zuständig. In der PK sind alle Gemeindepräsident*innen der Regionsgemeinden von Amtes wegen Mitglied; ausnahmsweise kann auch ein anderes Mitglied eines Gemeindevorstandes in die PK delegiert werden. Die PK ist u.a. zuständig für die Genehmigung von Budget und Jahresrechnung, den Erlass von Ausführungsbestimmungen und Reglementen, für den Abschluss von Leistungsvereinbarungen oder die Wahl von Kommissionen.

Die Geschäftsführung der Region ist Sache des Regionalausschusses (RA), der von der Präsidentenkonferenz aus ihrer Mitte gewählt wird. Der RA besteht in der Region Prättigau/Davos aus fünf Mitgliedern der PK; aufgrund der Grösse ist die Gemeinde Davos zwingend im Ausschuss vertreten und hat doppeltes Stimmengewicht. Von den Prättigauer Gemeinden sollen Klosters und Schiers im RA vertreten sein, von einer zwingenden Regelung in den Statuten hat die Präsidentenkonferenz hier aber abgesehen. Der Präsident des Ausschusses ist gleichzeitig Vorsitzender der PK.

Für die operative Umsetzung ist die Geschäftsstelle der Region zuständig, die ihr Büro im Rathaus Klosters führt.

Die Überprüfung des Geschäftstätigkeit und der Rechnungslegung sind Aufgaben der Geschäftsprüfungskommission (GPK). Sie besteht aus drei Personen, die jeweils Mitglied einer GPK einer Regionsgemeinde sein müssen.